2006年6月30日，國務院第141次常務會議決定成立由國家發(fā)展改革委和衛(wèi)生部牽頭，財政部、原人事部等部門參加的深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革部際協調工作小組。小組的主要任務是研究提出深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的總體思路和政策措施，這標志著新一輪醫(yī)改研究制定工作正式啟動。
　　2006年8月17日，工作小組召開第一次會議。明確了第一階段工作將分為管理和運行機制、衛(wèi)生投入機制、醫(yī)療保障體制和藥品市場監(jiān)管四個專題研究組開展工作。
　　2006年9月26日，工作小組在國家發(fā)展改革委官方網站主頁上開通“我為醫(yī)改建言獻策”欄目，并公布了熱線電話，聽取社會各界對醫(yī)改的意見和建議。
　　2007年3月23日，為借助外腦，集思廣益，提高醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革方案決策的科學性和可操作性，工作小組委托世界銀行、世界衛(wèi)生組織、國務院發(fā)展研究中心、北京大學、復旦大學、麥肯錫（中國）公司和北京師范大學等七家國內外機構開展“中國醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革總體思路和框架設計”的獨立平行研究。
　　2007年9月28日，工作小組辦公室召開會議，討論修改《關于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的總體方案（征求意見稿）》。
　　2007年11月30日，馬凱約請高強、謝旭人等就基層醫(yī)療衛(wèi)生機構的投入機制、公立醫(yī)院的運行機制、政府衛(wèi)生投入占財政總支出的比重等醫(yī)改方案中仍存在分歧的幾個問題進行協商，基本達成一致意見。
　　2008年1月14日、15日，吳儀副總理兩次主持座談會，分別聽取全國人大教科文衛(wèi)委員會和全國政協教科文衛(wèi)體委員會部分委員對工作小組關于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革指導意見的建議意見。
　　2008年2月29日，國務院常務會議聽取工作小組關于醫(yī)改方案的匯報，根據與會國務院領導的意見，對醫(yī)改方案進行進一步修改，形成了《關于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的意見（征求意見稿）》。
　　2008年4月11日和15日，溫家寶總理在中南海兩次主持召開醫(yī)改工作座談會，就醫(yī)改征求意見稿聽取醫(yī)務工作者、專家學者、藥品生產和流通企業(yè)負責人、教師、城鎮(zhèn)居民、農民、農民工等群眾代表的意見和建議。
　　2008年9月10日，溫家寶總理主持召開國務院常務會議審議并原則通過了《關于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的意見（征求意見稿）》，并決定公開向社會征求意見。
　　2009年1月21日，國務院常務會議再次審議并原則通過了《關于深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的意見》和《2009－2011年深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革實施方案》。
　�。〒�4月6日“政府網”）

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